Le monastère de Kladruby a été fondé en 1115 par le prince Přemyslid Vladislav Ier pour l’ordre bénédictin. Peu de temps après sa fondation, des moines tchèques ont été rejoints par des moines du monastère allemand de Zwiefalten. La basilique monumentale à trois nefs du style roman tardif a été achevée en 1233 et consacrée en présence du roi Venceslas Ier et de hauts fonctionnaires ecclésiastiques et d’État.
À la fin du 14ème siècle, c’était l’un des monastères les plus riches du royaume tchèque. En 1393, pour la confirmation du nouvel abbé de Kladruby par ordre de Venceslas IV. – a laissé persécuté et torturé Jean de Pomuk – plus tard connu sous le nom de Saint-Jean de Nepomuk. En 1421, le monastère a été conquis par Jan Žižka de Trocnov. La fin du XVIIe siècle et la première moitié du XVIIIe siècle représentent le point culminant de l’histoire du monastère de Kladruby – la période dite des grands abbés et bâtisseurs – Maur Fintzgut, Josef Sieber et Amand Strier, grâce auxquels le monastère de Kladruby s’est inscrit comme le lieu important de l’histoire tchèque.
La basilique d’origine romane a été reconstruite dans les années 1712-1726 par l’architecte tchèque Jan Blažej Santini Aichel dans le style de la gothique baroque. Les principaux artistes baroques de Bohême – Matyáš Bernard Braun, Řehoř Thény de Bavière, Cosmas Damian et Egid Quirin Asamov ont participé à la décoration. En 1775, la construction d’un nouveau couvent fut achevée selon les plans de Kilián Ignác Dientzenhofer.
Le monastère a été aboli par Joseph II. en 1785. Dans les années 1825-1945, tout le complexe appartenait à la famille princière Windischgrätz, qui utilisait les bâtiments du monastère, principalement à des fins économiques. En 1945, le monastère abritait l’état-major du général d’infanterie allemande – Weisenberger. Depuis 1968, le complexe monastique est géré par l’Institut des monuments nationaux. L’ensemble du complexe, y compris le parc forestier, a été déclaré comme le monument culturel national par un décret gouvernemental du 16 août 1995.
